Тогда пока на словах опишу алгоритм:
1) Открываешь таблицу блоков
2) Проходишься по ней, находя только те блоки, у которых XrefStatus == FileNotFound или XrefStatus == Unresolved и собираешь ObjectId этих блоков.
3) Открываешь каждый из отобранных блоков по их ObjectId, вызываешь их метод Erase и закрываешь их
4) Сохраняешь чертеж.
Если не получится у тебя его реализовать - обращайся.
P.S.: И приветствую на форуме!