Я полагаю, что смысл существования переносимого профиля Windows тебе известен: за любым компом ты будешь видеть одни и те же выполненные тобой настройки (в данном случае настройки файла меню). Bundle пакеты хранятся в каталоге, общедоступном всем юзерам (в подкаталогах %ProgramData%). Т.о. насколько я понимаю, там хранится своего рода базовый шаблон меню, котоый подхватывается юзерами в их переносимые профили при первом запуске плагина. Затем, редактируя меню в своём профиле, они настраивают его каждый под себя. Если бы грузилось меню из %ProgramData%, то все юзеры получали бы одно и то же, не имея возможности конфигурировать под себя индивидуально.
Я полагаю, что задумка именно такая. Возможно (не проверял), что это поведение (копирование) можно как-то и отключить в настройках пакета (хотя это мне кажется нецелесообразным)...