Я, например, использую NSIS. К нему есть куча плагинов, обеспечивающих достаточную для большинства задач гибкость.
Т.е. в простейшем варианте, я беру .bundle (zip) архив, в NSIS выбираю создать на основе архива и в качестве папки для установки указываю
%APPDATA%\Roaming\Autodesk\ApplicationPlugins\
И собственно все. Для какой версии и как загружать описано в PackageContents.xml
Так?