Окей, решение найдено, но оно «костыль»!!! Работает.
1. После того как проект изменен, нужно сначала закрыть все невидимые виды проекта
-         Try 
-             Dim myPC As RevitCommandId = RevitCommandId.LookupPostableCommandId(PostableCommand.CloseHiddenWindows) 
-             App.PostCommand(myPC) 
-         Catch ex As Exception 
-             MsgBox(ex.Message) 
-         End Try 
2. Обязательно сохранить проект
-         Dim App As Autodesk.Revit.UI.UIApplication = myCD.Application() 
-         Dim UIDoc As UIDocument = App.ActiveUIDocument 
-         Dim Doc As Document = App.ActiveUIDocument.Document 
-   
-         Doc.Save() 
3. Запускаем приложение, которое закрывает текущий проект. 
Андрей Калашников написал приложение, которое отсылает сочетание клавиш в окно Revit (на AutoIT-е). За это ему огромное спасибо!!!
- Process.Start("C:\Users\Pashin.Evgeniy\Desktop\project_closer.exe") 
4. Модуль должен работать не через модальное окно, а через кнопку на ленте (или после закрытия модального окна).
Имеется исходный код AutoIT-а:

Приложение для закрытия текущего проекта - во вложении.
А вот результат работы модуля в купе с приложением