Настройки проекта - это одно. Настройки IDE - это совсем другое. Если тебя интересует второе, то пользуйся экспортом\импортом. Если первое, то создавай PROPS-файлы с нужным тебе набором настроек и подключай их к своему PROJ-файлу через XML элемент импортирования.