Для загрузки меню есть два метода:
Application.LoadMainMenu
Application.LoadPartialMenu
Я не проверял работают ли они с mnu-файлами, но даже если и не работают, то небольшая проблема вручную загрузить mnu-файл и автоматически получить cui/cuix-файл, а затем уже грузить их через .NET API.