Посмотрите класс UpdaterRegistry. Там есть методы EnableUpdater, DisableUpdater, IsUpdaterEnabled.
В качестве альтернативы, можете у своих классов Updater-ов добавить, например, свойство IsActive. В методе Execute() в зависимости от значения свойства выполнять или не выполнять полезные действия.