updater-ы не хранятся в документе, чтобы их можно было бы удалить )
Для всех манипуляций с апдейтерами предназначен класс UpdaterRegistry. Насколько знаю, Revit не позволит управлять updater-ами из других addin-ов, а только теми, которые зарегистрированы в Вашем приложении, соответственно, Вы знаете все UpdaterId ваших updater-ов, можете проверить, зарегистрирован ли он с помощью метода IsUpdaterRegistered(UpdaterId, Document) и при необходимости вызвать UnregisterUpdater(UpdaterId, Document)