А как сохранить изменения в Tool если я там поменяю путь в Source File? Я пробовал метод Save у ToolPaletteManager и у Tool, но так и не понял как правильно сохранять изменения.
А кто сказал, что такая возможность есть в AutoCAD .NET API? Ты можешь поменять только основные свойства CatalogItem и потом сохранять их методом Save. То что можно прочитать методом GetXml нельзя записать при помощи AutoCAD .NET API (т.е. метода типа SaveXml нет).
Поэтому если в планах есть изменение чего-то в atc-файлах, то используй возможности System.Xml (класс XmlDocument и т.д.) для чтения и изменения.
Ну а потом можешь загрузить исправленные при помощи метода ToolPaletteManager.LoadCatalogs