Существует ли способ объединить слои, или нужно перебирать все объекты на слоях и переносить в другой слой, а этот удалять?
Уточни, какая задача главная?
Если главная задача, удалить слой, то необходимо, чтобы на слой не ссылались объекты.
Тогда изменить свойства LayerId у всех блоков и примитивах в них может оказаться недостаточно.
Удалению скорее всего могут помешать proxy, фильтры слоев и что-нибудь еще, что может ссылаться на слой.