Как обновлять bundle без предварительной выгрузки CUIx вручную?
Чтобы обновить, нужно выгрузить CUIX, заменить и подгрузить вновь. Это не слишком долго, и требуется обычно редко.
Твой CUIX добавляется в основной файл адаптации, вместе с иконками, командами и т.д. а также привязан к рабочим пространствам.
В теории можешь напрямую записывать в основной CUIX, пока автокад не загружен, но на практике сложно реализуемо, ненадежно и возможно зависит от версий. Проще будет создавать интерфейс программно.