Да, он нормально не работает, но, вообще говоря, он должен использоваться только для отладки.
Его можно починить (условно, см. дальше), если в каждом документе (Application.Documents) запустить транзакцию - собрать транзакции в список, потом вызвать метод EraseSchemaAndAllEntities, а потом пройтись по полученному списку транзакций и закоммитить каждую.
Почему условно? Если документ является связанным файлом, то транзакцию в нем ты не запустишь.
Ну и ещё почитай Remarks в описании метода.