Антон Останин, немного дополню ответ Александра.
Элементы изолируются на каком-то конкретном виде. в API это метод 
View.IsolateElement(s), где в качестве параметров передается идентификаторы элементов, которые нужно изолировать. 
Так как вид является объектом конкретного документа, то очевидно, что идентификаторы скрываемых объектов, должны принадлежать тому же самому документу, что и вид. А значит и передать идентификаторы элементы связанного файла не получится.
Попробовал покопаться поглубже на предмет наличия подходящих методов - не нашел. Но это вполне ожидаемо, так как 
о, что нельзя сделать через UI Revit-а, в 95% случаев нельзя сделать и программно
 Данное действие попадает под эти 95%