Компилируешь в AnyCpu - если есть нативные платформо-зависимые сборки - то размещаешь их в подкаталогах x86 и x64 соответственно. В "особых" случаях могут возникать "кренделя" (например набор аргументов функций в библиотеках может различаться) - тогда надо немного потанцевать с бубном вокруг этих библиотек - но это не часто.