1) куда сохранить результаты вычислений? Создавать внутри проекта rvt какое нибудь семейство и в нём хранить?
Куда угодно, куда тебе нужно./ Например, ты можешь в своем модуле создать файл формата .JSON и хранить в нем все свои данные или файл формата .XML прям внутри своего решения.
Ну а, если еще сложней, то нужна база данных.
Причем, если тебя беспокоит привязка файла .rvt к данным, то можно в этот файл записывать, скажем, путь к файлу или еще какую идентификационную информацию, а далее уже свои "вычисления".
2) Если так, то что будет если файл будет открыт в Ревит где мой модуль не установлен?
Не так. ) Не надо хранить инфу в семействе.
3) Или мои модули нужны только для того чтобы вычислять что-то каждый раз при загрузке проекта rvt?
Только ты знаешь для чего нужны твои модули.