На всякий случай поясняю - если ты решишь оформлять свой плагин в виде Bundle-пакета и использовать его в AutoCAD 2012 или более новой версии, то регистрировать его в реестре нет необходимости.
А что касается добавления доверительных каталогов в процессе установки плагина... Я буду бить пользователей линейкой по рукам, если узнаю, что они пытаются установить себе (или соседу) подобный плагин, создавая тем самым потенциальную возможность для запуска вирусов в акаде. Где гарантия, что для каталога, который ты хочешь добавить в доверенные, нет прав для записи и у других пользователей? Если такой доступ у них есть, то кто может гарантировать, что кто-то из них (или зловредный код, работающий с их правами) не поместит в назначенный тобою доверенный каталог что-то такое, что будет запущено в акаде и нанесёт вред? Есть стандартный набор доверительных каталогов - вот их и следует использовать. Чем не устроил стандартный набор доверенных каталогов? Вопрос риторический.
Решение о добавлении нового доверительного каталога должно приниматься либо администратором домена, либо, на крайний случай - самим пользователем, но никак не разработчиком плагина.