Тему, скорее всего, перенесут, но не лучше ли сразу в нужном разделе создавать? Тут ну совсем никак не по API вопрос.
Если дискомфорта никакого не испытываете, то можно и в одном файле. Но сеть действительно очень большой получается. Чем дальше - тем сильнее будет тормозить. В чертеже будут создаваться виды профилей, куча меток - все эти объекты имеют динамические зависимости, которые при каждом чихе будут пересчитываться. В итоге может получиться очень неповоротливый файл, который будет тормозить и на каждое пользовательское действие уходить в задумчивость на минуту-другую. Это во-первых.
А во-вторых, при такой нагрузке на Civil 3D сильно возрастает риск появления ошибок в его работе, в получаемых чертежах. Обидно же, наверное, будет потерять "все яйца в одной корзине"? Можно, конечно, делать постоянные бекапы. Но между бекапами тоже будет какое-то время работы, которое можно потерять.
В общем, я думаю, что "ребята из ПСС" правы. Видимо, опыт у них имеется