Немножко поисследовал вопрос.
К сожалению, в общем виде на данный момент вопрос не решается, т.е. получить элемент из связанного файла можно, а вот 100% определить его видимость на виде в основной модели сейчас нельзя.
Впрочем, если речь идет о 3D-виде, то можно для всех найденных объектов определять видимость с помощью ReferenceIntersector-а со включенной опцией FindReferencesInRevitLinks (сначала пытался с помощью CustomExporter-а, но не сильно помогло, хотя ему и можно передать связанный файл, а в метод Export передать вид из основной модели).
Для других видов прийдется определять вручную, находится ли элемент из связанной модели в секущем диапазоне основного вида, не скрыта ли категория элемента из связанного файла, не применяются ли к элементу фильтры и видимость рабочих наборов. К сожалению, еще остается возможность скрыть конкретный элемент из связанного файла, вот этот последний случай можно обработать только для 3D-вида с помощью ReferenceIntersector-а