Смотрите. Когда Вы видите ElementId, значит речь всегда о текущем документе, либо Document в метод передается другим параметром.
Ещё заметка - вообще, при работе с ReferenceIntersector-ом лучше самому создать вид с нужной детализацией, наложенными фильтрами и т.д., т.е., если Вы ищите, например, стены, создайте вид, задайте видимость категорий и рабочих наборов и т.д. и уже его передавайте в ReferenceIntersector.
А так, с SetTargetElementIds будет работать только в основном файле