Да, не все так просто оказалось. Разбил характерную линию, считал координаты вершин 3д полилинии. Когда снова стал создавать характерную линии из 3д полилинии он мне промежуточных точек надобавлял. И как их убрать не знаю. Если создавать характерную линию средствамли Civil 3d то там есть опция "Не вставлять промежуточные точки".