Ссылки на cs файлы хранятся в файлах csproj. Можно программно пробежаться по папкам решения, найти нужные csproj, открыть, внести нужные данные о ссылочных файлах. Как вариант - консольное приложение с конфиг-файлом настроек.
Я как-то написал похожий "ленивчик", только на WPF, для автоматизации рутины при сборке. Пару дней на написание потратил и уже года два пользуюсь. Запустил, проверил настройки, выбрал галочками нужные решения. Далее приложение пробегает по файлам, генерирует и выставляет номер версии и ProductCode новые, собирает инсталляторы и пушит изменения в репозиторий гит.