Чем гибче?
А тем что флешка может потеряться. Или может быть где-то забыта, к примеру...
Это смотря с какой стороны посмотреть: у меня она лежит дома рядом с ноутом на котором публикуются релизы. И это увеличивает защиту моего сертификата. А вот носить куда-либо свой сертификат - на работу, например, и еще куда - это как-раз риск того, что сертификатом может воспользоваться кто-то ещё. Да, звучит может слегка абсурдно, но если действительно серьезно относится к сертификату, то лучше увеличивать его "защиту", а не уменьшать.
Тут еще надо брать во внимание кто как относится к сертификату: для кого-то это просто механизм по убиранию окошка при загрузке в Автокад/Ревит/и т.д., а кто-то относится к этому очень серьезно )