Ярослав, день добрый!
Для решения проблемы Вы можете использовать метод:
Document.LoadFamily(path, options, out family);
Вам необходимо будет создать класс, реализующий интерфейс IFamilyLoadOptions.
У него есть методы OnFamilyFound и OnSharedFamilyFound. В каждом из них есть out параметр overwriteParameterValues.
Соответственно, реализация на Вашей стороне, можете сделать подобный Revit-овскому диалог, либо определить собственное поведение