А матрицу Transformation нужно брать для подсборки или отдельно для каждой детали внутри подсборки?
А это от ваших задач зависит.
В первом приблежении:
SubOccurences это
экземпляр подсборки в конкретной сборке.
если деталь внутри подсборки была установлена в начало координат то объект
Occurrences.Transformation всегда будет выдавать нулевую матрицу. А вот в разных сборках эта подсборка может быть установлена в разные места относительно начала координат и вот объект
SubOccurences.Transformation уже дает именно матрицу смещений относительно начала координат верхней сборки.
Это все не трудно пронаблюдать на простой сборке с подсборкой.