1. Перепроверить не установлено ли CopyLocal в True для какой-то из dll из AutoCAD
2. Проверить не происходит ли исключение в IExtensionApplication.Initialize - в этом случае команды не выполняются
3. Так как часть команд видны, а часть нет, то убедись, что ты грузишь правильный dll-файл, а не его старую версию
Это для начала.