Правильно ли я понял, что ты
1) получаешь какие-то элементы
2) вносишь изменения в модель
3) работаешь со списком элементов из п.1
?
Тогда невалидность элементов, в общем-то, может и не ожидаемое (т.к., в большинстве случаев Revit обрабатывает весьма корректно), но не удивительное явление, попробуй после внесения изменений получить элементы, геометрия которых тебя интересует заново.
А как регенерировать документ средствами API?
Может, это в любом случае стоит сделать?
Нет, если ты не обманываешь и закоммитил транзакцию перед получением геометрии.
Регенерация нужна для того, чтобы после изменения документа в рамках запущенной транзакции привести модель к валидному состоянию. При коммите транзакции Revit это делает сам, автоматически.
Если мои предположения в начале ответа верны, то дело, по-видимому, в том, что арматура объект непростой, возможно, внутри это композит и при изменении отображения внутри что-то создается или удаляется.