Система координат мировая. Масштабы все по 1, хотя тут хотелось бы узнать, что делать, если будет не так - программа все-таки должна работать при любых блоках. А вот насчет поворота - тут интереснее: блоки в большинстве своем динамические. Угол вставки самого блока почти всегда 0, но динамический параметр - угол поворота! Вообще, блоки могут быть любые, в т.ч. динамические, параметрические.
Выходит, что Entity.TransformBy(BlockReference.BlockTransform) не учитывает все эти параметры?
P.S. Пока, чтобы работало, сделал анализ пересечения с конкретным типом данных примитива из br.BlockTableRecord - Circle, Arc, Curve и Polyline. Работает "почти" нормально, но это явно неверный способ решения проблемы.