Я бы заподозрил, что в консоль не грузятся какие-то dbx/dll Civil3D и фактически печатаются прокси.
Да, похоже так оно и есть, только трубы идут не как прокси а как объекты Aecc_pipe и переопределение цвета на них не работает, проверил открыв чертеж в режиме как автокад.
Проблема видимо в двойной установке цвета, линий внутри стиля труб/колодцев и самих собственно труб/колодцев, у меня в стиле стояло по блоку что бы была возможность менять цвет элементов независимо от слоя.
Похоже у объектов Aecc_pipe и Aecc_structure цвет фиксируется таким, какой был у линий внутри стиля и средствами автокада уже не меняется, если стояло по блоку, то цвет можно менять, но при установке по слою не работает переопределение. Если в стиле было установлено по слою, то в чистом автокаде хоть какой цвет устанавливай, будет как у слоя, но как раз в этом случае переопределение прекрасно работает.
В общем походу тему я создал не в том разделе)