Может кто знает как полилинию привести в соответствие с обновленными вертексами?
Попробуй метод Reset у Polyline.
У Polyline2d и Polyline3d возможно нельзя удалять все вершины, должно остаться минимум 2шт, иначе объект считается некорректным, если присутствует хотя-бы 2 вершины можно попробовать завершить транзакцию и обратиться к свойствам, хотя ты говоришь уже пробовал.
Возможно также нельзя удалять первую вершину, а необходимо ее заменять с помощью методов void InsertVertexAt(Vertex2d indexVertex, Vertex2d newVertex); или ObjectId InsertVertexAt(ObjectId vertexId, Vertex2d newVertex);
Как вариант, имея все вершины, их должно быть не менее 2х, удалить старую и создать по новой, один из конструкторов принимает Point3dCollection.
Polyline2d(Poly2dType type, Point3dCollection vertices, double elevation, bool closed, double startWidth, double endWidth, DoubleCollection bulges);
protected internal Polyline2d(IntPtr unmanagedObjPtr, bool autoDelete);