Евгений,
проще всего это сравнить с программированием. Схема - это по сути класс, где описываются его название и свойства. А сущность - объект, экземпляр этого класса.
А тут уже зависит от того что вам нужно. Если схема вам больше совсем не нужна, например, создавали ее для тестирования, то имеет смысл ее удалить полностью. Это можно сделать с помощью статического метода Schema.EraseSchemaAndAllEntities. Это удалит из проекта саму схему, а также все сущности этой схемы.
Если есть сущность, привязанная к какому-то объекту, и нужно ее удалить, но сохранив при этом описание схемы в проекте, то Element.DeleteEntity