Да, COM библиотеки в этом плане очень капризные. Если версии библиотек в ссылках проекта не соответствуют версии запускаемого Civil 3D, то есть большой шанс того, что приложение работать не будет. Не только при отладке. Поэтому, если их использовать, то нужно почти под каждую версию Civil 3D создавать отдельную сборку. Вроде как, у версий 2015-2017 COM библиотеки совместимы, и отдельно пересобирать под каждую из них не обязательно. Достаточно собрать под библиотеки версии 2015.
Но, насколько я знаю, Алексей Терно об этом в курсе. Так что, скорее всего, проблема в другом.