Общими усилиями, таки, получилось
Сделал инструмент для добавления ссылок между объектами в чертеж.
Если объекты копировать в чертеже любыми командами: копирование, зеркало и т.п., то связи к новым объектам тоже добавляются.
Если объекты копировать в другой чертеж - аналогично.
Связи в чертеже сохраняются только после сохранения чертежа.
Исходники - в приложенном архиве. Рядом скомпилированная сборка для AutoCAD 2014 x64. При загрузке инициализируется автоматически. Командой TestAddReference можно добавить ссылку одного объекта на другой, командой TestGetReferencedObject - проверить связь объекта с другим.
В исходниках есть папка Notes - там я старался довольно подробно изложить основные идеи + подробно комментировал код.
Пока не все реализовал, что хочу, буду дальше допиливать под свои нужды.