Andant,
я запускаю консольный проект с FlaUI в отдельном процессе и ему передаю файл задания (в примере выше нет файла задания, там код специально для быстрых ссылок. буду переделывать в файл задания).
Думаю, что применение FlaUI из процесса акада приведет к куче ошибок. Модальное окно блокирует поток. Запуск FlaUI из другого потока тоже невозможен.
Свой вариант консольной утилиты с FlaUI могу выложить на github.