Возможности Revit API это на 95% только то, что можно сделать "руками". Насколько понимаю, во-первых нужно поставить в свойствах вида "Обрезать аннотации":
view.get_Parameter(BuiltInParameter.VIEWER_ANNOTATION_CROP_ACTIVE).Set(1);
Дальше отредактировать область подрезки аннотаций - получить объект
var shapeManager = view.GetCropRegionShapeManager();
И установить значения LeftAnnotationCropOffset, Right..., Top..., Bottom.
This value must be a non-negative length in view units. Default value is 1/12' (1"), minimal value is 1/96' (1/8"). To get offset in model units, multiply the value by the view scale.
Это частично решает проблему, а с остальным сложнее - тут нужно уже программно редактировать или скрывать элементы.
Например, для Grid-ов можно перевести в 2D и настроить их линии для конкретного вида, элементы, показывающие разрезы / фасады найти по их категориям (поставьте RevitLookup для того, чтобы можно было исследовать элемент, в частности посмотреть к какой категории относится), оценить их попадание в требуемый CropBox и при необходимости скрыть, в общем, реализовать программно то, что люди делают руками.