На самом деле вариантов тьма может быть. Например, заблокированная в свойствах виндового файла dll-ка (сколько человеко-лет на этом было потеряно - не счесть). Дальше, попробуй запуститься на чистом Revit, может быть, dll-ку другой версии загружает сторонний плагин. Это касается и зависимых dll. Потом вопрос, как запускаешь плагин свой? У меня, я так и не разобрался, правда, почему, плагины с использованием NHibernate не хотят загружаться Addin-Manager-ом со сходными симптомами, тогда как из addin-манифеста всё работает. Изучи подробности ошибки, там есть Fusion log, с подробностями откуда и что пытается загрузить. Ну и вместо того, чтобы использовать Assembly.LoadFrom, как предложил Александр, лучше посмотри в сторону обработки события AppDomain.AssemblyResolve, поскольку LoadFrom может также начать загружать зависимости, ты попадаешь на то, что тебе нужно будет отслеживать порядок загрузки библиотек, всё хорошо пока не начнёшь что-то массово менять. Да и красивее так)