FilteredElementCollector - позволяет выбрать либо все элементы, либо с вида.
А как же порядка 40 классов наследников ElementFilter?
Задачу
Как понять что нужный элемент из связанного файла (АР) находится например на плане этажа (Уровень 1 КВ)
можно понимать по-разному.
Вариант 1. Найти элементы, попадающие в некий секущий диапазон. Решать с помощью BoundingBoxIntersectsFilter, нужно только перейти от координат модели к координатам связанного файла, т.е. вместо linkInstance.GetTotalTransform() взять linkInstance.GetTotalTransform().Inverse
Вариант 2. Найти элементы из связанного файла, которые видны на конкретном виде ViewPlan. Здесь надо понимать, что может быть заданы различные варианты отображения, по основному виду, по связанному виду, пользовательские варианты + что-то может быть скрыто вручную. Эта задача полностью решается только в Revit 2020+ с помощью CustomExporter-а.