Когда я публиковал приложение в App Store я тоже задумался об иконках и как с ними быть. В результате я пришёл к тому, что вручную перекрасил все иконки (файлы bmp), изменив фон на 192,192,192 (даже и не зная ещё тогда что именно этот цвет и надо). Это решило проблему с отображением иконок во всех AutoCAD 2012-2016 даже с переключением с темной темы на светлую. Имеем всего один cuix файл и все иконки внутри его. В результате я про иконки забыл как страшный сон, т.к. больше проблем с этим нет. Все остальные варианты оказались трудней и отнимали время, а оказолось что проще перекрасить в ручную в самом редакторе CUIX по кнопке Изменить.
Изменения cuix производил в AutoCAD 2014, изменённый cuix загружается плагином и отображается нормально в AutoCAD 2012-2016.