vla-intersectwith покажет пересечения объектов. Проверить вхождение точки объекта внутрь определенной области можно, алгоритмы и их реализации существуют (прошу прощения, но заниматься поиском сейчас не хочу). Проверить совпадение примитивов - сложно, но можно. Проверить совпадение нескольких точек примитивов (при частичном наложении) тоже не особо проблема, как мне кажется.
Другой вопрос, что на больших чертежах плохо реализованный алгоритм будет работать отвратительно.
Я бы, наверное, сначала прошелся по пространству модели, получил все обрабатываемые примитивы, отсортировал их, например, по площади (или по длине - не столь суть важно) по убыванию и проверял - кто с кем и как совпадает, формируя отдельные списки данных. А вот потом уже начнется самое веселье - объединение примитивов, удаление лишних вершин и т.п.
Естественно я создаю наборы (ssget),
ИМХО вот это как раз и неестественно.